考察編

恐らくですが、インストーラが「tar.xz」という圧縮法に対応していないのではないでしょうか？

なお、xzという圧縮形式は見慣れないもので、WinRarでも対応していません。私はLinuxにファイルをコピーして「$ xz -dv foo.tar.xz」として単なるtarファイルにし、それをWindowsにコピーし解凍、「texmf.cnf」を抽出しました。

もしもインストーラがtar.xz形式に対応していないのであれば、正常に展開・配置されてないファイルは他にも存在していそうです。ただ、私が使っている範囲では今のところ問題が起こってないので、そのままにしています。今後また問題が発生するようであれば、「tar.xz」ファイルをすべて展開し、適切なフォルダにコピーする必要があると思います。